Don Gonzalo Jimenez nació enla localidad madrileñade Torrelaguna en elaño 1436. Gonzalo inició carrera eclesiástica, cursando estudios en Roa para después trasladarse a Alcalá de Henares, una de las ciudades más importantes y vinculadas a su vida. Posteriormente se trasladó a Salamanca para estudiar teología y derecho, finalizando su carrera estudiantil en Roma, adonde marchó para perfeccionar en administración eclesiástica.
Después delamuerte de su padre, Gonzalo regresó a España y consigue el arciprestazgo de Uceda, enfrentándose con el arzobispo de Toledo, lo que significó el encarcelamiento de don Gonzalo durante varios años.
En el año 1480 recibe la capellanía mayor de la catedral de Sigüenza, iniciando su prestigiosa carrera eclesiástica y política. Cuatro años más tarde decide ingresar en la Orden Franciscana, cambiando el nombre de Gonzalo por el de Francisco.
En el año 1492 la reina Isabel le elige como confesor siguiendo los consejos del ahora arzobispo de Toledo, el cardenal González de Mendoza, primer protector de Cisneros. Dos años más tarde es elegido provincial de la Orden Franciscana para Castilla, convirtiéndose en el principal consejero de la reina católica.
Fue nombrado visitador de los franciscanos en 1496 y de las órdenes mendicantes en 1499.
Tras el fallecimiento de la reina Isabel en 1504, Juana heredaba la corona castellana según el testamento real, en el que se incluía una cláusula por la que Juana debía ceder sus derechos a su padre, Fernando el Católico, en caso de trastornos mentales.
Tras la muerte de Felipe en el mes de septiembre de 1506 , Cisneros se erige en el gerente de de Castilla con dos objetivos muy claros en su política: el inmediato regreso de Fernando a Castilla y el mantenimiento del orden nobiliario, encaminados ambos al fortalecimiento del poder real.
En 1507, gracias alapoyo real, Cisneros consigue el cardenalato.
En 1516 fallece Fernando el Católico y Cisneros vuelve a ser nombrado regente de Castilla mientras el hijo natural de Fernando, Alonso, es nombrado regente de Aragón.
El cardenal fallecía en Roa (Burgos) el 8 de noviembre de 1517, cuando iba al encuentro del nuevo monarca, Carlos I.